در منابع تاریخی از چگونگی و زمان جدایی شبث از خوارج و توبه احتمالی او و درنتیجه عدم‌حضور در جنگ نهروان چیزی ثبت نشده است، اما به نظر می‌رسد هنگامی که پیش از وقوع جنگ، سران فکری خوارج در بحث و مناظره و محاجه مقابل امیرالمؤمنین(ع) درمانده شده و درنتیجه دوسوم سپاه خوارج توبه کرده و میدان جنگ را خالی کردند، شبث نیز با زیرکی از آن‌ها کناره گرفته است. نیز احتمال دارد وقتی که متوجه کمی نفرات خود و فراوانی سپاه امیرمؤمنان(ع) شد و هلاکت خویش را مسلم دانست، مخفیانه صفوف خوارج را ترک کرده باشد.
درباره شبث از جنگ نهروان تا شهادت امیرمؤمنان علی(ع) به مورد قابل توجهی در تاریخ برنمی‌خوریم، به‌جز روایتی که در صحت آن تردید و به احتمال زیاد دروغ است و طبری و به تبع او ابن‌اثیر آن را نقل کرده‌اند. بنابراین نقل، شبث در جنگ نهروان فرماندهی جناح چپ سپاه امیرالمؤمنین(ع) را برعهده داشته است. اگر این نقل صحت داشته باشد، باز دلیلی بر فرصت‌طلبی و تغییر موضع شبث با توجه به تغییر شرایط است. آن‌چه مسلم است، شبث بن ربعی پس از جنگ نهروان مجددا به کوفه بازگشته و به‌گونه‌ای عمل می‌کرده است که حساسیت و عکس‌العمل امیرمؤمنان(ع) را بر ضد خود برنینگیزد. به نظر می‌رسد وی از خائنانی مانند اشعث بن قیس و عبدالله بن کواء که با عملکرد و سخنان خود مورد لعن و طعن امیرمؤمنان(ع) واقع شدند، سنجیده‌تر رفتار می‌کرده است و به‌غیر از نهی از نمازگزاردن در مسجد او، از جانب آن حضرت نکوهش دیگری درباره وی نقل نشده است. مطابق نقل‌های تاریخی، شبث بن ربعی بانی یکی از مساجد ملعونه کوفه است که امیرمؤمنان(ع) مردم را از نماز گزاردن در آن‌ها منع فرموده بود.
شبث بن ربعی پس از شهادت امیرمؤمنان علی(ع) جزو اصحاب امام حسن مجتبی(ع) شد. معاویه می‌دید با خلافت امام مجتبی(ع) عملیات روانی موفق او در رویارویی با امیرمؤمنان(ع)، بی‌حاصل می‌شود و احتمال توجه مردم به شام و امام مجتبی(ع) می‌رود، سعی در براندازی خلافت آن حضرت با بهره‌گیری از خیانت رجال و سرشناسان کوفه از راه ترور و حذف فیزیکی کرد. در این راستا معاویه جاسوسانی را نزد چهار تن از اشراف کوفه از جمله شبث بن ربعی فرستاد و وعده داد هرکدام که امام حسن(ع) را به قتل برسانند، 200 هزار درهم پاداش و ازدواج با دختر معاویه و فرماندهی یکی از لشکرهای شام در انتظار خواهد بود. اقدام خائنانه معاویه مؤثر واقع شد و روزی امام مجتبی(ع) در حین نماز از سوی فرد ناشناسی هدف نیزه قرار گرفت، اما به سبب آن‌که آن حضرت در زیر لباس خویش زره پوشیده بود، توطئه قتل امام(ع) ناکام ماند. هرچند عامل یا عاملان این توطئه در تاریخ ناشناس مانده‌اند، اما با توجه به نوع موضع‌گیری و فرصت‌طلبی‌های منحصر به فرد شبث بن ربعی، می‌توان احتمال داد که وی در این توطئه دست داشته باشد.
شبث بن ربعی پس از صلح امام مجتبی(ع)، با معاویه بیعت کرد و همچنان موقعیت خود را به‌عنوان یکی از مشایخ و اشراف قبایل کوفه حفظ کرد.
پس از مرگ معاویه و روی کار آمدن یزید و در پی آن عدم‌بیعت حضرت امام حسین(ع) با یزید و هجرت آن حضرت به مکه، خبر ایستادگی امام(ع) در برابر خلافت غاصبانه یزید به کوفه رسید. کوفیان که از تسلط شامیان و تحقیر خود به تنگ آمده بودند، بهترین فرصت را برای بیرون آمدن از این موقعیت و قرار گرفتن در سایه حکومت برترین و شایسته‌ترین کس در دعوت از امام حسین(ع) یافتند. از این‌رو با ارسال پی در پی نامه‌هایی که بعضا دارای چندین امضاء بود، از آن حضرت دعوت به‌عمل آوردند تا به کوفه بیاید و مردم کوفه با بیعت و اطاعت خود، در راه آرمان‌های حضرتش جانفشانی کنند.
موج گسترده دعوت از حضرت ابا عبدالله(ع)، حتی اشراف قبایل و کسانی که سابقه خیانت و کوتاهی نسبت به امیرمؤمنان(ع) و امام مجتبی(ع) را داشتند نیز در بر گرفت. شبث بن ربعی در زمره هفت تن از اشراف کوفهاست که آخرین نامه دعوت را به سوی امام حسین(ع) فرستادند. یزید، عبیدالله زیاد حاکم بصره را با حفظ سمت به فرمانروایی کوفه برگزید و مأموریت یافت تا پیش از رسیدن امام حسین(ع) به کوفه برود و مسلم بن عقیل را که به نمایندگی آن حضرت در کوفه حضور داشت به قتل رسانده و این شهر را تحت کنترل درآورد، شبث بن ربعی از نخستین کسانی است که با شکستن عهد و پیمان خود با امام حسین(ع) به‌سوی عبیدالله زیاد شتافت و در زمره خواص او درآمد. به هنگام قیام مسلم بن عقیل، این شبث بود که همراه گروهی دیگر از اشراف خائن کوفه به خواست عبیدالله زیاد موجب پراکندگی مردم از گرد مسلم شد و چون مسلم و یاران باقی‌مانده‌اش به قصر ابن‌زیاد هجوم آوردند، شبث بن ربعی در رأس عده‌ای به‌شدت با مسلم جنگید.
هنگامی که عبیدالله زیاد کوفیان، در رأس آنان اشراف قبایل مقیم شهر را به کربلا اعزام می‌داشت، شبث بن ربعی که می‌دانست جنگیدن با امام حسین(ع) می‌تواند موقعیت او را تهدید کند، تمارض کرد و بدین‌وسیله می‌خواست از حضور در کربلا معذور باشد، اما عبیدالله عذر وی را نپذیرفت و او مجبور شد به کربلا بیاید. شبث بن ربعی که تا روز ششم محرم از رفتن به کربلا طفره می‌رفت، سرانجام از سوی عبیدالله زیاد به فرماندهی یک‌هزار نفر وارد کربلا شد و به عمر سعد پیوست. وی در روز عاشورا فرماندهی پیادگان سپاه عمر بن سعد را برعهده داشت.(16) پیش از وقوع جنگ در روز عاشورا، حضرت امام حسین(ع) در احتجاجاتی که در حقانیت خویش و بی‌وفایی و خیانت کوفیان بیان داشت، از جمله فرمود: «ای شبث بن ربعی و ای حجار ابن ابجر و ای قیس بن اشعث و ای یزید بن حارث! مگر شما به من ننوشتید که میوه‌ها رسیده و باغ‌ها سرسبز شده و تو بر لشکر آماده خود وارد می‌شوی؟» به روایتی آن‌ها پاسخ دادند ما چنین نکرده‌ایم. امام(ع) در پاسخ فرمود: سبحان الله به خدا قسم شما نوشتید. به نقلی دیگر تنها قیس بن اشعث در پاسخ گفت: ما نمی‌دانیم و نمی‌فهمیم تو چه می‌گویی، فقط یک راه داری و آن این‌که به فرمان پسرعمویت یزید درآیی.(17)
